自二十世纪30年代以来，化肥帮助农民提高了农作物产量。虽然化肥在恶劣的天气条件下或在植物需要额外营养的时候可以增加植物的营养，但是化肥也有一些有害的影响。化肥可能造成的一些危害包括水道污染、对作物的化学燃烧、和土壤矿物枯竭。

       河道污染
      在作物上利用化肥对河道产生不利影响，因为过量化肥的化学物质流失了。水中过多的营养物质减少了氧气的含量。现存的生活在水中的生物会消耗掉剩下的氧气。结果是缺氧导致鱼类死亡。
      化学烧伤
      化肥的营养成分高，如氮。过量施用化肥会使植物的叶子变成黄色或褐色，从而损害植物，降低作物产量。这种情况被称为化学叶烧焦。叶子烧焦会导致植物的叶子枯萎，并可能导致植物死亡。
      增加空气污染
      作物施肥里大量的化肥会造成温室气体大量流入到大气中。这种效果是由于使用了比植物容易吸收的更多的化肥造成的。根据国家海洋管理局的监测，大气中过多的温室气体可能是导致陆地表面温度升高的原因之一。